Bakteri dikatakan merugikan karena menyebabkan penyakit pada manusia, hewan dan tumbuhan atau dapat menghasilkan racun.

1. Bakteri penyebab penyakit pada manusia

Mycobacterium tuberculosis, menyebabkan penyakit TBC

Mycobacterium leprae, menyebabkan penyakit lepra

Salmonella typhosa, menyebabkan penyakit tifus

2. Bakteri penyebab penyakit pada hewan

Camtylobacter Fetus, mengakibatkan keguguran pada sapid an kambing serta menyebabkan radang pada usus manusia.

Bacillus anthracis menyebabkan penyakit antraks pada ternak dan pada manusia terjadi bentol – bentol pada kulit

3. Bakteri penyebab penyakit psds tumbuhan.

Pseudomonas cattleye, menyerang tanaman angrek

Pseudomonas solanacearum, menyerang tanaman pisang

Bakterium papaye, menyerang tanaman papaya

4. Bakteri penghasil racun

Pseudomonas cocolenenans menghasilkan racun asam bongrek pada tempe bongkrek

Clostridium botulinum menghasilkan racun botulinum pada makanan kaleng yang sudah rusak

Leuconostac mesentroides menyebabkan makanan berlendir